Fece parlare di sé già quando fu rimosso dall'incarico di direttore dell’Agenzia delle dogane e dei monopoli, lasciando il posto a Benedetto Mineo, in quanto accusò il Governo di essere stato "azzerato sulla base di una, vera o presunta, appartenenza di partito".
E probabilmente è sulla scorta di rapporti ruvidi e dell'aspra rottura che, Giovanni Kessler, tramite i propri legali, presso il Tribunale ordinario di Roma, in funzione di giudice del lavoro, sollevò, in riferimento agli artt. 97 e 98 della Costituzione, questione di legittimità costituzionale dell'art. 2, comma 160, del decreto-legge 3 ottobre 2006, n. 262 (Disposizioni urgenti in materia tributaria e finanziaria), convertito, con modificazioni, nella legge 24 novembre 2006, n. 286, nella parte in cui prevede che ai direttori delle Agenzie fiscali si applichi il meccanismo di cessazione automatica dell'incarico conseguente al decorso di novanta giorni dal voto sulla fiducia al Governo, contemplato dall'art. 19, comma 8, del decreto legislativo 30 marzo 2001, n. 165 (Norme generali sull'ordinamento del lavoro alle dipendenze delle amministrazioni pubbliche);
Sostituito da Benedetto Mineo il 12 settembre 2018, Kessler il 30 ottobre dello stesso anno, in una lettera, chiedeva in particolare al ministro dell'Economia e delle finanze, la corresponsione dell'indennità prevista dall'art. 5, comma 3, del contratto per il caso di risoluzione consensuale da parte del ministro, facendosi comunque offerta della propria prestazione lavorativa e contestando la legittimita' della rimozione dall'incarico;
Visti l'atto di costituzione di Kessler nonché l'atto di intervento del Presidente del Consiglio dei ministri; udito nell'udienza pubblica del 1° dicembre 2020 il giudice relatore Stefano Petitti; uditi l'avvocato Luisa Torchia per l'ex capo Adm e l'avvocato dello Stato Pio Giovanni Marrone per il Presidente del Consiglio dei ministri, recentemente la Corte costituzionale ha rilevato che il giudice rimettente ha escluso la fondatezza della domanda avanzata in via principale dal ricorrente nel giudizio a quo, volta al riconoscimento dell'indennità in questione "in ragione dell'incompleta ricostruzione del quadro normativo che essa opera. La stessa - si legge nell'ordinanza pubblicata in Gazzetta - si rivela ulteriormente carente quanto alla motivazione sulla rilevanza della prospettata questione di legittimità costituzionale".